สถาบันนโยบายสาธารณะ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ (สนส.ม.อ.) มีบทบาทสนับสนุนและส่งเสริมให้ผู้ที่มีส่วนเกี่ยวข้องในทุกภาคส่วน มีศักยภาพในการสร้างชุดความรู้ เกิดกลไกการจัดการเชิงระบบ และการขับเคลื่อนนโยบายสาธารณะ โดยใช้บริบทพื้นที่เป็นตัวตั้ง ทั้งนี้เพื่อให้สังคมมีการใช้ความรู้ในการแก้ปัญหา สร้างนวัตกรรมเชิงระบบ ซึ่งจะนําไปสู่การพัฒนาที่ยั่งยืนตอบสนองยุทธศาสตร์ของประเทศ และการมีคุณภาพชีวิตของประชาชน พันธกิจหลักของ สนส.ม.อ. มี 3 ประการ คือ

1. การพัฒนาทรัพยากรมนุษย์เพื่อพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ทั้งการผลิตบัณฑิตการพัฒนาศักยภาพของคน และเครือข่ายเพื่อเป็น กําลังหลักในการแก้ปัญหาและการพัฒนาอย่างยั่งยืน
2. การสร้างความรู้ วิจัย และนวัตกรรม การพัฒนาเป็นสถาบันที่ทำหน้าที่สนับสนุนส่งเสริมและดําเนินการจัดการงานวิจัย พัฒนานวัตกรรมเชิง ระบบ และเชิงนโยบาย เพื่อสร้างองค์ความรู้และกระบวนการเรียนรู้ นําไปสู่กระบวนการนโยบายสาธารณะเพื่อ การแก้ปัญหาและพัฒนาทั้งระดับพื้นที่ ระดับประเทศ
3. การพัฒนาและขับเคลื่อนนโยบายสาธารณะ เพื่อสร้างเครือข่ายความร่วมมือทางวิชาการในสหวิทยาการที่เข้มแข็ง ทั้งที่มาจากสถาบันอุดมศึกษา จากหน่วยงานภาครัฐและเอกชน จากองค์กรพัฒนาเอกชนและจากชุมชน เพื่อสร้างการมีส่วนร่วมในการพัฒนาและขับเคลื่อนนโยบายสาธารณะ